Η Μικροβιολογία αποτελεί κλάδο της Ιατρικής και της Βιολογίας που επικεντρώνεται στη μελέτη αυτών των μικροοργανισμών, στις διαφορετικές τους ιδιότητες, καθώς και στις κλινικές εφαρμογές τους.
Οι μικροοργανισμοί χωρίζονται σε προκαρυωτικούς (χωρίς πυρήνα), π.χ. βακτηρίδια και ευκαρυωτικούς (έχουν πυρήνα), π.χ. μύκητες και πρώτιστα, και στους ιούς.

Στο μικροβιολογικό τμήμα πραγματοποιούνται εξετάσεις για την ανίχνευση των μικροοργανισμών σε διάφορα βιολογικά υγρά του σώματος καθώς και η ευαισθησία τους σε διάφορα αντιβιοτικά. Τα τελευταία χρόνια με την χρησιμοποίηση μεθόδων μοριακής βιολογιίας και γενετικής, έχει επιτευχθεί η ακριβέστερη και ταχύτερη ανίχνευση και διάγνωση μικροβιακών λοιμώξεων.

Κυριότερες εξετάσεις:

• Καλλιέργειες μικροβίων: Χρησιμοποιούνται θρεπιτκά υλικά κάτω από ειδικές συνθήκες ανάπτυξης (αερόβια – αναερόβια καθώς και σε CO2)
  Ούρων, Ουρηθρικού εκκρίματος, Κολπικού – Τραχηλικού επιχρίσματος, Κοπράνων, Σπέρματος, Φαρυγγικού – Ρινικού – Στοματικού επιχρίσματος, Τραύματος – Δερματικής βλάβης – Πύου, Οφθαλμικό επίχρισμα, Ωτικό επίχρισμα, Ονύχων – Ξεσμάτων δερματικής βλάβης (για ανίχνευση μυκήτων), Πτυέλων – Βρογχοκυψελιδικού εκπλύματος, Αίματος, Διάφορα βιολογικά υγρά ( ΕΝΥ, Περιτοναϊκό, Αρθρικό, Πλευριτικό, Υγρών παροχέτευσης, Καθετήρων, κ.τ.λ.)
• Έλεγχος ευαισθησίας στα αντιβιοτικά (αντιβιόγραμμα) με την μέθοδο Kirby – Bauer και μυκητόγραμμα
• Άμεσα μικροσκοπικά παρασκευάσματα στα παραπάνω βιολογικά υγρά με την χρήση ειδικών χρώσεων για ανίχνευση μικροβίων και μέτρηση κυττάρων
  Νωπό – Άμεσο παρασκεύασμα, χρώση Gram, χρώση Ziehl-Nielsen ( για οξεάντοχους μικροοργανισμούς όπως μυκοβακτηρίδια και Nocardia ), χρώση May-Grünwald, χρώση Giemsa, χρώση Ηωσίνης, Lugol, KOH (Υδροξείδιο του Καλίου), χρώση Μπλε Λακτοφαινόλης (για ανίχνευση μυκήτων), χρώση SUDAN III, κ.ά.

Ειδικές εξετάσεις:

• Κοπράνων: Παρασιτολογική, Mayer (ανίχνευση αιμοσφαιρίνης), ανεύρεση άπεπτων υπολειμμάτων τροφής (λίπος, μυϊκές ίνες, κοκκία αμύλου)
• Προστατικού εκκρίματος κατά Stamey-Meares
• Σπερμοδιάγραμμα

Συχνά μικρόβια που ανιχνεύονται στις καλλιέργειες:

• Staphylococcus (aureus)
• Streptococcus (pyogenes, agalactiae, pneumoniae)
• Enterococcus
• E.coli
• Klebsiella
• Proteus
• Pseudomonas
• Salmonella – Shigella
• Mycoplasma
• Ureoplasma
• Chlamydia
• Trichomonas vaginalis
• Gardnerella vaginalis
• Candida albicans